Algorithm BRZ included
This commit is contained in:
parent
652565a1a4
commit
426dfe2a63
@ -15,7 +15,8 @@ libcmph_la_SOURCES = debug.h\
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|||||||
cmph.h cmph.c\
|
cmph.h cmph.c\
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||||||
cmph_structs.h cmph_structs.c\
|
cmph_structs.h cmph_structs.c\
|
||||||
chm.h chm_structs.h chm.c\
|
chm.h chm_structs.h chm.c\
|
||||||
bmz.h bmz_structs.h bmz.c
|
bmz.h bmz_structs.h bmz.c\
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||||||
|
brz.h brz_structs.h brz.c
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libcmph_la_LDFLAGS = -version-info 0:0:0
|
libcmph_la_LDFLAGS = -version-info 0:0:0
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@ -175,7 +175,7 @@ cmph_t *bmz_new(cmph_config_t *mph, float c)
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|||||||
if (iterations_map == 0) return NULL;
|
if (iterations_map == 0) return NULL;
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||||||
mphf = (cmph_t *)malloc(sizeof(cmph_t));
|
mphf = (cmph_t *)malloc(sizeof(cmph_t));
|
||||||
mphf->algo = mph->algo;
|
mphf->algo = mph->algo;
|
||||||
bmzf = (bmz_data_t *)malloc(sizeof(bmz_config_data_t));
|
bmzf = (bmz_data_t *)malloc(sizeof(bmz_data_t));
|
||||||
bmzf->g = bmz->g;
|
bmzf->g = bmz->g;
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||||||
bmz->g = NULL; //transfer memory ownership
|
bmz->g = NULL; //transfer memory ownership
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||||||
bmzf->hashes = bmz->hashes;
|
bmzf->hashes = bmz->hashes;
|
||||||
|
@ -11,6 +11,7 @@ struct __bmz_data_t
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|||||||
hash_state_t **hashes;
|
hash_state_t **hashes;
|
||||||
};
|
};
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||||||
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||||||
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||||||
struct __bmz_config_data_t
|
struct __bmz_config_data_t
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||||||
{
|
{
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||||||
CMPH_HASH hashfuncs[2];
|
CMPH_HASH hashfuncs[2];
|
||||||
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408
src/brz.c
Executable file
408
src/brz.c
Executable file
@ -0,0 +1,408 @@
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|||||||
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#include "graph.h"
|
||||||
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#include "bmz.h"
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||||||
|
#include "bmz_structs.h"
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|
#include "brz.h"
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#include "cmph_structs.h"
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|
#include "brz_structs.h"
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#include "cmph.h"
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#include "hash.h"
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#include "bitbool.h"
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#include <math.h>
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#include <stdlib.h>
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#include <stdio.h>
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#include <assert.h>
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#include <string.h>
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//#define DEBUG
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#include "debug.h"
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|
static int brz_before_gen_graphs(cmph_config_t *mph, cmph_uint32 * disksize, cmph_uint32 * diskoffset);
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||||||
|
static void brz_gen_graphs(cmph_config_t *mph, cmph_uint32 * disksize, cmph_uint32 * diskoffset, FILE * graphs_fd);
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||||||
|
static char ** brz_read_keys_vd(FILE * graphs_fd, cmph_uint8 nkeys);
|
||||||
|
static void brz_destroy_keys_vd(char ** keys_vd, cmph_uint8 nkeys);
|
||||||
|
static void brz_copy_partial_mphf(brz_config_data_t *brz, bmz_data_t * bmzf, cmph_uint32 index);
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|
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|
brz_config_data_t *brz_config_new()
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|
{
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|
brz_config_data_t *brz = NULL;
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||||||
|
brz = (brz_config_data_t *)malloc(sizeof(brz_config_data_t));
|
||||||
|
brz->hashfuncs[0] = CMPH_HASH_JENKINS;
|
||||||
|
brz->hashfuncs[1] = CMPH_HASH_JENKINS;
|
||||||
|
brz->hashfuncs[2] = CMPH_HASH_JENKINS;
|
||||||
|
brz->size = NULL;
|
||||||
|
brz->offset = NULL;
|
||||||
|
brz->g = NULL;
|
||||||
|
brz->h1 = NULL;
|
||||||
|
brz->h2 = NULL;
|
||||||
|
brz->h3 = NULL;
|
||||||
|
assert(brz);
|
||||||
|
return brz;
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||||||
|
}
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||||||
|
|
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|
void brz_config_destroy(cmph_config_t *mph)
|
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|
{
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||||||
|
brz_config_data_t *data = (brz_config_data_t *)mph->data;
|
||||||
|
DEBUGP("Destroying algorithm dependent data\n");
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||||||
|
free(data);
|
||||||
|
}
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||||||
|
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||||||
|
void brz_config_set_hashfuncs(cmph_config_t *mph, CMPH_HASH *hashfuncs)
|
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|
{
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||||||
|
brz_config_data_t *brz = (brz_config_data_t *)mph->data;
|
||||||
|
CMPH_HASH *hashptr = hashfuncs;
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||||||
|
cmph_uint32 i = 0;
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||||||
|
while(*hashptr != CMPH_HASH_COUNT)
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||||||
|
{
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||||||
|
if (i >= 3) break; //brz only uses three hash functions
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||||||
|
brz->hashfuncs[i] = *hashptr;
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||||||
|
++i, ++hashptr;
|
||||||
|
}
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||||||
|
}
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||||||
|
|
||||||
|
cmph_t *brz_new(cmph_config_t *mph, float c)
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|
{
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||||||
|
cmph_t *mphf = NULL;
|
||||||
|
brz_data_t *brzf = NULL;
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||||||
|
cmph_uint32 i;
|
||||||
|
cmph_uint32 iterations = 20;
|
||||||
|
cmph_uint32 * disksize = NULL;
|
||||||
|
cmph_uint32 * diskoffset = NULL;
|
||||||
|
|
||||||
|
cmph_io_adapter_t *source = NULL;
|
||||||
|
cmph_config_t *config = NULL;
|
||||||
|
cmph_t *mphf_tmp = NULL;
|
||||||
|
char ** keys_vd = NULL;
|
||||||
|
|
||||||
|
FILE * graphs_fd = NULL;
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||||||
|
|
||||||
|
DEBUGP("c: %f\n", c);
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||||||
|
brz_config_data_t *brz = (brz_config_data_t *)mph->data;
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||||||
|
brz->m = mph->key_source->nkeys;
|
||||||
|
DEBUGP("m: %f\n", brz->m);
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||||||
|
brz->k = ceil(brz->m/128);
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||||||
|
DEBUGP("k: %f\n", brz->k);
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||||||
|
brz->size = (cmph_uint8 *) malloc(sizeof(cmph_uint8)*brz->k);
|
||||||
|
brz->offset = (cmph_uint32 *)malloc(sizeof(cmph_uint32)*brz->k);
|
||||||
|
|
||||||
|
disksize = (cmph_uint32 *)malloc(sizeof(cmph_uint32)*brz->k);
|
||||||
|
diskoffset = (cmph_uint32 *)malloc(sizeof(cmph_uint32)*brz->k);
|
||||||
|
|
||||||
|
for(i = 0; i < brz->k; ++i)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
brz->size[i] = 0;
|
||||||
|
brz->offset[i] = 0;
|
||||||
|
disksize[i] = 0;
|
||||||
|
diskoffset[i] = 0;
|
||||||
|
}
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||||||
|
|
||||||
|
// Creating the external graphs.
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|
while(1)
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|
{
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|
int ok;
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|
DEBUGP("hash function 3\n");
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|
brz->h3 = hash_state_new(brz->hashfuncs[2], brz->k);
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||||||
|
DEBUGP("Generating graphs\n");
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||||||
|
ok = brz_before_gen_graphs(mph, disksize, diskoffset);
|
||||||
|
if (!ok)
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||||||
|
{
|
||||||
|
--iterations;
|
||||||
|
hash_state_destroy(brz->h3);
|
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|
brz->h3 = NULL;
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||||||
|
DEBUGP("%u iterations remaining to create the graphs in a external file\n", iterations);
|
||||||
|
if (mph->verbosity)
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|
{
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|
fprintf(stderr, "Failure: A graph with more than 255 keys was created - %u iterations remaining\n", iterations);
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|
}
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||||||
|
if (iterations == 0) break;
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|
}
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||||||
|
else break;
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|
}
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||||||
|
|
||||||
|
if (iterations == 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
DEBUGP("Graphs with more than 255 keys were created in all 20 iterations\n");
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||||||
|
free(brz->size);
|
||||||
|
free(brz->offset);
|
||||||
|
free(disksize);
|
||||||
|
free(diskoffset);
|
||||||
|
return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
graphs_fd = fopen("/colecao/fbotelho/cmph.tmp", "wb+");
|
||||||
|
if (graphs_fd == NULL)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
free(brz->size);
|
||||||
|
free(brz->offset);
|
||||||
|
free(disksize);
|
||||||
|
free(diskoffset);
|
||||||
|
fprintf(stderr, "Unable to open file %s\n", "/colecao/fbotelho/cmph.tmp");
|
||||||
|
return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// Clustering the keys by graph id.
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||||||
|
brz_gen_graphs(mph, disksize, diskoffset, graphs_fd);
|
||||||
|
free(disksize);
|
||||||
|
free(diskoffset);
|
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|
|
||||||
|
// codigo do algoritmo...
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|
brz->h1 = (hash_state_t **)malloc(sizeof(hash_state_t *)*brz->k);
|
||||||
|
brz->h2 = (hash_state_t **)malloc(sizeof(hash_state_t *)*brz->k);
|
||||||
|
brz->g = (cmph_uint8 **) malloc(sizeof(cmph_uint8 *) *brz->k);
|
||||||
|
|
||||||
|
for(i = 0; i < brz->k; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
bmz_data_t * bmzf = NULL;
|
||||||
|
if (brz->size[i] == 0) continue;
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||||||
|
keys_vd = brz_read_keys_vd(graphs_fd, brz->size[i]);
|
||||||
|
// Source of keys
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||||||
|
source = cmph_io_vector_adapter(keys_vd, (cmph_uint32)brz->size[i]);
|
||||||
|
|
||||||
|
config = cmph_config_new(source);
|
||||||
|
cmph_config_set_algo(config, CMPH_BMZ);
|
||||||
|
cmph_config_set_graphsize(config, c);
|
||||||
|
mphf_tmp = cmph_new(config);
|
||||||
|
|
||||||
|
bmzf = (bmz_data_t *)mphf_tmp->data;
|
||||||
|
brz_copy_partial_mphf(brz, bmzf, i); // implementar
|
||||||
|
|
||||||
|
cmph_config_destroy(config);
|
||||||
|
brz_destroy_keys_vd(keys_vd, brz->size[i]);
|
||||||
|
free(keys_vd);
|
||||||
|
cmph_destroy(mphf_tmp);
|
||||||
|
free(source);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
fclose(graphs_fd);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// Generating a mphf
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|
mphf = (cmph_t *)malloc(sizeof(cmph_t));
|
||||||
|
mphf->algo = mph->algo;
|
||||||
|
brzf = (brz_data_t *)malloc(sizeof(brz_data_t));
|
||||||
|
brzf->g = brz->g;
|
||||||
|
brz->g = NULL; //transfer memory ownership
|
||||||
|
brzf->h1 = brz->h1;
|
||||||
|
brz->h1 = NULL; //transfer memory ownership
|
||||||
|
brzf->h2 = brz->h2;
|
||||||
|
brz->h2 = NULL; //transfer memory ownership
|
||||||
|
brzf->h3 = brz->h3;
|
||||||
|
brz->h3 = NULL; //transfer memory ownership
|
||||||
|
brzf->size = brz->size;
|
||||||
|
brz->size = NULL; //transfer memory ownership
|
||||||
|
brzf->offset = brz->offset;
|
||||||
|
brz->offset = NULL; //transfer memory ownership
|
||||||
|
brzf->k = brz->k;
|
||||||
|
brzf->m = brz->m;
|
||||||
|
mphf->data = brzf;
|
||||||
|
mphf->size = brz->m;
|
||||||
|
DEBUGP("Successfully generated minimal perfect hash\n");
|
||||||
|
if (mph->verbosity)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fprintf(stderr, "Successfully generated minimal perfect hash function\n");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return mphf;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
static int brz_before_gen_graphs(cmph_config_t *mph, cmph_uint32 * disksize, cmph_uint32 * diskoffset)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cmph_uint32 e;
|
||||||
|
brz_config_data_t *brz = (brz_config_data_t *)mph->data;
|
||||||
|
mph->key_source->rewind(mph->key_source->data);
|
||||||
|
DEBUGP("Generating information before the keys partition\n");
|
||||||
|
for (e = 0; e < brz->m; ++e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cmph_uint32 h3;
|
||||||
|
cmph_uint32 keylen;
|
||||||
|
char *key;
|
||||||
|
mph->key_source->read(mph->key_source->data, &key, &keylen);
|
||||||
|
h3 = hash(brz->h3, key, keylen) % brz->k;
|
||||||
|
mph->key_source->dispose(mph->key_source->data, key, keylen);
|
||||||
|
if (brz->size[h3] == 255) return 0;
|
||||||
|
brz->size[h3] = brz->size[h3] + 1;
|
||||||
|
disksize[h3] = disksize[h3] + keylen + 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
for (e = 1; e < brz->k; ++e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
brz->offset[e] = brz->size[e-1] + brz->size[e];
|
||||||
|
diskoffset[e] = disksize[e-1] + disksize[e];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// disksize nao esta sendo usado ainda. Sera usado qd incluir os buffers.
|
||||||
|
static void brz_gen_graphs(cmph_config_t *mph, cmph_uint32 * disksize, cmph_uint32 * diskoffset, FILE * graphs_fd)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cmph_uint32 e;
|
||||||
|
brz_config_data_t *brz = (brz_config_data_t *)mph->data;
|
||||||
|
mph->key_source->rewind(mph->key_source->data);
|
||||||
|
DEBUGP("Generating graphs from %u keys\n", brz->m);
|
||||||
|
for (e = 0; e < brz->m; ++e)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cmph_uint32 h3;
|
||||||
|
cmph_uint32 keylen;
|
||||||
|
char *key;
|
||||||
|
mph->key_source->read(mph->key_source->data, &key, &keylen);
|
||||||
|
h3 = hash(brz->h3, key, keylen) % brz->k;
|
||||||
|
mph->key_source->dispose(mph->key_source->data, key, keylen);
|
||||||
|
fseek(graphs_fd, diskoffset[h3], SEEK_SET);
|
||||||
|
fwrite(key, sizeof(char), keylen + 1, graphs_fd);
|
||||||
|
diskoffset[h3] = diskoffset[h3] + keylen + 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
static char ** brz_read_keys_vd(FILE * graphs_fd, cmph_uint8 nkeys)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
char ** keys_vd = (char **)malloc(sizeof(char *)*nkeys);
|
||||||
|
cmph_uint8 i;
|
||||||
|
|
||||||
|
for(i = 0; i < nkeys; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
char * buf = (char *)malloc(BUFSIZ);
|
||||||
|
cmph_uint32 buf_pos = 0;
|
||||||
|
char c;
|
||||||
|
while(1)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
fread(&c, sizeof(char), 1, graphs_fd);
|
||||||
|
buf[buf_pos++] = c;
|
||||||
|
if(c == '\0') break;
|
||||||
|
if(buf_pos % BUFSIZ == 0) buf = (char *)realloc(buf, buf_pos + BUFSIZ);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
keys_vd[i] = (char *)malloc(strlen(buf) + 1);
|
||||||
|
strcpy(keys_vd[i], buf);
|
||||||
|
free(buf);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return keys_vd;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
static void brz_destroy_keys_vd(char ** keys_vd, cmph_uint8 nkeys)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cmph_uint8 i;
|
||||||
|
for(i = 0; i < nkeys; i++) free(keys_vd[i]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
static void brz_copy_partial_mphf(brz_config_data_t *brz, bmz_data_t * bmzf, cmph_uint32 index)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cmph_uint32 i;
|
||||||
|
brz->g[index] = (cmph_uint8 *)malloc(sizeof(cmph_uint8)*bmzf->m);
|
||||||
|
for(i = 0; i < bmzf->m; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
brz->g[index][i] = (cmph_uint8) bmzf->g[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
brz->h1[index] = bmzf->hashes[0];
|
||||||
|
brz->h2[index] = bmzf->hashes[1];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
int brz_dump(cmph_t *mphf, FILE *fd)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
/*char *buf = NULL;
|
||||||
|
cmph_uint32 buflen;
|
||||||
|
cmph_uint32 nbuflen;
|
||||||
|
cmph_uint32 i;
|
||||||
|
cmph_uint32 two = 2; //number of hash functions
|
||||||
|
brz_data_t *data = (brz_data_t *)mphf->data;
|
||||||
|
cmph_uint32 nn, nm;
|
||||||
|
__cmph_dump(mphf, fd);
|
||||||
|
|
||||||
|
fwrite(&two, sizeof(cmph_uint32), 1, fd);
|
||||||
|
|
||||||
|
hash_state_dump(data->hashes[0], &buf, &buflen);
|
||||||
|
DEBUGP("Dumping hash state with %u bytes to disk\n", buflen);
|
||||||
|
fwrite(&buflen, sizeof(cmph_uint32), 1, fd);
|
||||||
|
fwrite(buf, buflen, 1, fd);
|
||||||
|
free(buf);
|
||||||
|
|
||||||
|
hash_state_dump(data->hashes[1], &buf, &buflen);
|
||||||
|
DEBUGP("Dumping hash state with %u bytes to disk\n", buflen);
|
||||||
|
fwrite(&buflen, sizeof(cmph_uint32), 1, fd);
|
||||||
|
fwrite(buf, buflen, 1, fd);
|
||||||
|
free(buf);
|
||||||
|
|
||||||
|
fwrite(&(data->n), sizeof(cmph_uint32), 1, fd);
|
||||||
|
fwrite(&(data->m), sizeof(cmph_uint32), 1, fd);
|
||||||
|
|
||||||
|
fwrite(data->g, sizeof(cmph_uint32)*(data->n), 1, fd);
|
||||||
|
#ifdef DEBUG
|
||||||
|
fprintf(stderr, "G: ");
|
||||||
|
for (i = 0; i < data->n; ++i) fprintf(stderr, "%u ", data->g[i]);
|
||||||
|
fprintf(stderr, "\n");
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void brz_load(FILE *f, cmph_t *mphf)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
/* cmph_uint32 nhashes;
|
||||||
|
char *buf = NULL;
|
||||||
|
cmph_uint32 buflen;
|
||||||
|
cmph_uint32 i;
|
||||||
|
brz_data_t *brz = (brz_data_t *)malloc(sizeof(brz_data_t));
|
||||||
|
|
||||||
|
DEBUGP("Loading brz mphf\n");
|
||||||
|
mphf->data = brz;
|
||||||
|
fread(&nhashes, sizeof(cmph_uint32), 1, f);
|
||||||
|
brz->hashes = (hash_state_t **)malloc(sizeof(hash_state_t *)*(nhashes + 1));
|
||||||
|
brz->hashes[nhashes] = NULL;
|
||||||
|
DEBUGP("Reading %u hashes\n", nhashes);
|
||||||
|
for (i = 0; i < nhashes; ++i)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
hash_state_t *state = NULL;
|
||||||
|
fread(&buflen, sizeof(cmph_uint32), 1, f);
|
||||||
|
DEBUGP("Hash state has %u bytes\n", buflen);
|
||||||
|
buf = (char *)malloc(buflen);
|
||||||
|
fread(buf, buflen, 1, f);
|
||||||
|
state = hash_state_load(buf, buflen);
|
||||||
|
brz->hashes[i] = state;
|
||||||
|
free(buf);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
DEBUGP("Reading m and n\n");
|
||||||
|
fread(&(brz->n), sizeof(cmph_uint32), 1, f);
|
||||||
|
fread(&(brz->m), sizeof(cmph_uint32), 1, f);
|
||||||
|
|
||||||
|
brz->g = (cmph_uint32 *)malloc(sizeof(cmph_uint32)*brz->n);
|
||||||
|
fread(brz->g, brz->n*sizeof(cmph_uint32), 1, f);
|
||||||
|
#ifdef DEBUG
|
||||||
|
fprintf(stderr, "G: ");
|
||||||
|
for (i = 0; i < brz->n; ++i) fprintf(stderr, "%u ", brz->g[i]);
|
||||||
|
fprintf(stderr, "\n");
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
cmph_uint32 brz_search(cmph_t *mphf, const char *key, cmph_uint32 keylen)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
/* brz_data_t *brz = mphf->data;
|
||||||
|
cmph_uint32 h1 = hash(brz->hashes[0], key, keylen) % brz->n;
|
||||||
|
cmph_uint32 h2 = hash(brz->hashes[1], key, keylen) % brz->n;
|
||||||
|
DEBUGP("key: %s h1: %u h2: %u\n", key, h1, h2);
|
||||||
|
if (h1 == h2 && ++h2 > brz->n) h2 = 0;
|
||||||
|
DEBUGP("key: %s g[h1]: %u g[h2]: %u edges: %u\n", key, brz->g[h1], brz->g[h2], brz->m);
|
||||||
|
return brz->g[h1] + brz->g[h2];
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
return 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
void brz_destroy(cmph_t *mphf)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cmph_uint32 i;
|
||||||
|
brz_data_t *data = (brz_data_t *)mphf->data;
|
||||||
|
for(i = 0; i < data->k; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
free(data->g[i]);
|
||||||
|
hash_state_destroy(data->h1[i]);
|
||||||
|
hash_state_destroy(data->h2[i]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
hash_state_destroy(data->h3);
|
||||||
|
free(data->g);
|
||||||
|
free(data->h1);
|
||||||
|
free(data->h2);
|
||||||
|
free(data->size);
|
||||||
|
free(data->offset);
|
||||||
|
free(data);
|
||||||
|
free(mphf);
|
||||||
|
}
|
18
src/brz.h
Normal file
18
src/brz.h
Normal file
@ -0,0 +1,18 @@
|
|||||||
|
#ifndef __CMPH_BRZ_H__
|
||||||
|
#define __CMPH_BRZ_H__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "cmph.h"
|
||||||
|
|
||||||
|
typedef struct __brz_data_t brz_data_t;
|
||||||
|
typedef struct __brz_config_data_t brz_config_data_t;
|
||||||
|
|
||||||
|
brz_config_data_t *brz_config_new();
|
||||||
|
void brz_config_set_hashfuncs(cmph_config_t *mph, CMPH_HASH *hashfuncs);
|
||||||
|
void brz_config_destroy(cmph_config_t *mph);
|
||||||
|
cmph_t *brz_new(cmph_config_t *mph, float c);
|
||||||
|
|
||||||
|
void brz_load(FILE *f, cmph_t *mphf);
|
||||||
|
int brz_dump(cmph_t *mphf, FILE *f);
|
||||||
|
void brz_destroy(cmph_t *mphf);
|
||||||
|
cmph_uint32 brz_search(cmph_t *mphf, const char *key, cmph_uint32 keylen);
|
||||||
|
#endif
|
31
src/brz_structs.h
Executable file
31
src/brz_structs.h
Executable file
@ -0,0 +1,31 @@
|
|||||||
|
#ifndef __CMPH_BRZ_STRUCTS_H__
|
||||||
|
#define __CMPH_BRZ_STRUCTS_H__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "hash_state.h"
|
||||||
|
|
||||||
|
struct __brz_data_t
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cmph_uint32 m; // edges (words) count
|
||||||
|
cmph_uint8 *size; // size[i] stores the number of edges represented by g[i][...].
|
||||||
|
cmph_uint32 *offset; // offset[i] stores the sum: size[0] + size[1] + ... size[i-1].
|
||||||
|
cmph_uint8 **g; // g function.
|
||||||
|
cmph_uint32 k; // number of components
|
||||||
|
hash_state_t **h1;
|
||||||
|
hash_state_t **h2;
|
||||||
|
hash_state_t * h3;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
struct __brz_config_data_t
|
||||||
|
{
|
||||||
|
CMPH_HASH hashfuncs[3];
|
||||||
|
cmph_uint32 m; // edges (words) count
|
||||||
|
cmph_uint8 *size; // size[i] stores the number of edges represented by g[i][...].
|
||||||
|
cmph_uint32 *offset; // offset[i] stores the sum: size[0] + size[1] + ... size[i-1].
|
||||||
|
cmph_uint8 **g; // g function.
|
||||||
|
cmph_uint32 k; // number of components
|
||||||
|
hash_state_t **h1;
|
||||||
|
hash_state_t **h2;
|
||||||
|
hash_state_t * h3;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
@ -124,7 +124,7 @@ cmph_t *chm_new(cmph_config_t *mph, float c)
|
|||||||
|
|
||||||
mphf = (cmph_t *)malloc(sizeof(cmph_t));
|
mphf = (cmph_t *)malloc(sizeof(cmph_t));
|
||||||
mphf->algo = mph->algo;
|
mphf->algo = mph->algo;
|
||||||
chmf = (chm_data_t *)malloc(sizeof(chm_config_data_t));
|
chmf = (chm_data_t *)malloc(sizeof(chm_data_t));
|
||||||
chmf->g = chm->g;
|
chmf->g = chm->g;
|
||||||
chm->g = NULL; //transfer memory ownership
|
chm->g = NULL; //transfer memory ownership
|
||||||
chmf->hashes = chm->hashes;
|
chmf->hashes = chm->hashes;
|
||||||
|
36
src/cmph.c
36
src/cmph.c
@ -2,7 +2,7 @@
|
|||||||
#include "cmph_structs.h"
|
#include "cmph_structs.h"
|
||||||
#include "chm.h"
|
#include "chm.h"
|
||||||
#include "bmz.h"
|
#include "bmz.h"
|
||||||
//#include "bmz.h" /* included -- Fabiano */
|
#include "brz.h" /* included -- Fabiano */
|
||||||
|
|
||||||
#include <stdlib.h>
|
#include <stdlib.h>
|
||||||
#include <assert.h>
|
#include <assert.h>
|
||||||
@ -10,7 +10,7 @@
|
|||||||
//#define DEBUG
|
//#define DEBUG
|
||||||
#include "debug.h"
|
#include "debug.h"
|
||||||
|
|
||||||
const char *cmph_names[] = { "bmz", "chm", NULL }; /* included -- Fabiano */
|
const char *cmph_names[] = { "bmz", "chm", "brz", NULL }; /* included -- Fabiano */
|
||||||
|
|
||||||
static cmph_uint32 position; // access position when data is a vector
|
static cmph_uint32 position; // access position when data is a vector
|
||||||
|
|
||||||
@ -107,7 +107,7 @@ cmph_io_adapter_t *cmph_io_nlnkfile_adapter(FILE * keys_fd, cmph_uint32 nkeys)
|
|||||||
return key_source;
|
return key_source;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
cmph_io_adapter_t *cmph_io_vector_adapter(const char ** vector, cmph_uint32 nkeys)
|
cmph_io_adapter_t *cmph_io_vector_adapter(char ** vector, cmph_uint32 nkeys)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
cmph_io_adapter_t * key_source = malloc(sizeof(cmph_io_adapter_t));
|
cmph_io_adapter_t * key_source = malloc(sizeof(cmph_io_adapter_t));
|
||||||
assert(key_source);
|
assert(key_source);
|
||||||
@ -141,6 +141,9 @@ void cmph_config_set_algo(cmph_config_t *mph, CMPH_ALGO algo)
|
|||||||
case CMPH_BMZ:
|
case CMPH_BMZ:
|
||||||
bmz_config_destroy(mph->data);
|
bmz_config_destroy(mph->data);
|
||||||
break;
|
break;
|
||||||
|
case CMPH_BRZ:
|
||||||
|
brz_config_destroy(mph->data);
|
||||||
|
break;
|
||||||
default:
|
default:
|
||||||
assert(0);
|
assert(0);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
@ -152,6 +155,9 @@ void cmph_config_set_algo(cmph_config_t *mph, CMPH_ALGO algo)
|
|||||||
case CMPH_BMZ:
|
case CMPH_BMZ:
|
||||||
mph->data = bmz_config_new();
|
mph->data = bmz_config_new();
|
||||||
break;
|
break;
|
||||||
|
case CMPH_BRZ:
|
||||||
|
mph->data = brz_config_new();
|
||||||
|
break;
|
||||||
default:
|
default:
|
||||||
assert(0);
|
assert(0);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
@ -170,6 +176,9 @@ void cmph_config_destroy(cmph_config_t *mph)
|
|||||||
case CMPH_BMZ: /* included -- Fabiano */
|
case CMPH_BMZ: /* included -- Fabiano */
|
||||||
bmz_config_destroy(mph);
|
bmz_config_destroy(mph);
|
||||||
break;
|
break;
|
||||||
|
case CMPH_BRZ: /* included -- Fabiano */
|
||||||
|
brz_config_destroy(mph);
|
||||||
|
break;
|
||||||
default:
|
default:
|
||||||
assert(0);
|
assert(0);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
@ -191,6 +200,9 @@ void cmph_config_set_hashfuncs(cmph_config_t *mph, CMPH_HASH *hashfuncs)
|
|||||||
case CMPH_BMZ: /* included -- Fabiano */
|
case CMPH_BMZ: /* included -- Fabiano */
|
||||||
bmz_config_set_hashfuncs(mph, hashfuncs);
|
bmz_config_set_hashfuncs(mph, hashfuncs);
|
||||||
break;
|
break;
|
||||||
|
case CMPH_BRZ: /* included -- Fabiano */
|
||||||
|
brz_config_set_hashfuncs(mph, hashfuncs);
|
||||||
|
break;
|
||||||
default:
|
default:
|
||||||
break;
|
break;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
@ -220,6 +232,11 @@ cmph_t *cmph_new(cmph_config_t *mph)
|
|||||||
if (c == 0) c = 1.15;
|
if (c == 0) c = 1.15;
|
||||||
mphf = bmz_new(mph, c);
|
mphf = bmz_new(mph, c);
|
||||||
break;
|
break;
|
||||||
|
case CMPH_BRZ: /* included -- Fabiano */
|
||||||
|
DEBUGP("Creating brz hash\n");
|
||||||
|
if (c == 0) c = 1.15;
|
||||||
|
mphf = brz_new(mph, c);
|
||||||
|
break;
|
||||||
default:
|
default:
|
||||||
assert(0);
|
assert(0);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
@ -236,6 +253,9 @@ int cmph_dump(cmph_t *mphf, FILE *f)
|
|||||||
case CMPH_BMZ: /* included -- Fabiano */
|
case CMPH_BMZ: /* included -- Fabiano */
|
||||||
return bmz_dump(mphf, f);
|
return bmz_dump(mphf, f);
|
||||||
break;
|
break;
|
||||||
|
case CMPH_BRZ: /* included -- Fabiano */
|
||||||
|
return brz_dump(mphf, f);
|
||||||
|
break;
|
||||||
default:
|
default:
|
||||||
assert(0);
|
assert(0);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
@ -259,6 +279,10 @@ cmph_t *cmph_load(FILE *f)
|
|||||||
DEBUGP("Loading bmz algorithm dependent parts\n");
|
DEBUGP("Loading bmz algorithm dependent parts\n");
|
||||||
bmz_load(f, mphf);
|
bmz_load(f, mphf);
|
||||||
break;
|
break;
|
||||||
|
case CMPH_BRZ: /* included -- Fabiano */
|
||||||
|
DEBUGP("Loading brz algorithm dependent parts\n");
|
||||||
|
brz_load(f, mphf);
|
||||||
|
break;
|
||||||
default:
|
default:
|
||||||
assert(0);
|
assert(0);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
@ -277,6 +301,9 @@ cmph_uint32 cmph_search(cmph_t *mphf, const char *key, cmph_uint32 keylen)
|
|||||||
case CMPH_BMZ: /* included -- Fabiano */
|
case CMPH_BMZ: /* included -- Fabiano */
|
||||||
DEBUGP("bmz algorithm search\n");
|
DEBUGP("bmz algorithm search\n");
|
||||||
return bmz_search(mphf, key, keylen);
|
return bmz_search(mphf, key, keylen);
|
||||||
|
case CMPH_BRZ: /* included -- Fabiano */
|
||||||
|
DEBUGP("brz algorithm search\n");
|
||||||
|
return brz_search(mphf, key, keylen);
|
||||||
default:
|
default:
|
||||||
assert(0);
|
assert(0);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
@ -299,6 +326,9 @@ void cmph_destroy(cmph_t *mphf)
|
|||||||
case CMPH_BMZ: /* included -- Fabiano */
|
case CMPH_BMZ: /* included -- Fabiano */
|
||||||
bmz_destroy(mphf);
|
bmz_destroy(mphf);
|
||||||
return;
|
return;
|
||||||
|
case CMPH_BRZ: /* included -- Fabiano */
|
||||||
|
brz_destroy(mphf);
|
||||||
|
return;
|
||||||
default:
|
default:
|
||||||
assert(0);
|
assert(0);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
@ -27,7 +27,7 @@ typedef struct
|
|||||||
/* please call free() in the created adapters */
|
/* please call free() in the created adapters */
|
||||||
cmph_io_adapter_t *cmph_io_nlfile_adapter(FILE * keys_fd);
|
cmph_io_adapter_t *cmph_io_nlfile_adapter(FILE * keys_fd);
|
||||||
cmph_io_adapter_t *cmph_io_nlnkfile_adapter(FILE * keys_fd, cmph_uint32 nkeys);
|
cmph_io_adapter_t *cmph_io_nlnkfile_adapter(FILE * keys_fd, cmph_uint32 nkeys);
|
||||||
cmph_io_adapter_t *cmph_io_vector_adapter(const char ** vector, cmph_uint32 nkeys);
|
cmph_io_adapter_t *cmph_io_vector_adapter(char ** vector, cmph_uint32 nkeys);
|
||||||
|
|
||||||
/** Hash configuration API **/
|
/** Hash configuration API **/
|
||||||
cmph_config_t *cmph_config_new(cmph_io_adapter_t *key_source);
|
cmph_config_t *cmph_config_new(cmph_io_adapter_t *key_source);
|
||||||
|
@ -8,7 +8,7 @@ typedef unsigned int cmph_uint32;
|
|||||||
typedef enum { CMPH_HASH_DJB2, CMPH_HASH_FNV, CMPH_HASH_JENKINS,
|
typedef enum { CMPH_HASH_DJB2, CMPH_HASH_FNV, CMPH_HASH_JENKINS,
|
||||||
CMPH_HASH_SDBM, CMPH_HASH_COUNT } CMPH_HASH;
|
CMPH_HASH_SDBM, CMPH_HASH_COUNT } CMPH_HASH;
|
||||||
extern const char *cmph_hash_names[];
|
extern const char *cmph_hash_names[];
|
||||||
typedef enum { CMPH_BMZ, CMPH_CHM, CMPH_COUNT } CMPH_ALGO; /* included -- Fabiano */
|
typedef enum { CMPH_BMZ, CMPH_CHM, CMPH_BRZ, CMPH_COUNT } CMPH_ALGO; /* included -- Fabiano */
|
||||||
extern const char *cmph_names[];
|
extern const char *cmph_names[];
|
||||||
|
|
||||||
#endif
|
#endif
|
||||||
|
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