Extracting graph code.
This commit is contained in:
Davi de Castro Reis
parent
a3d29713b7
commit
f04df98f91
@ -1,299 +1,83 @@
|
|||||||
|
// Minimal perfect hash abstraction implementing the BDZ algorithm
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "trigraph.h"
|
||||||
|
|
||||||
template <class Key>
|
template <class Key>
|
||||||
class MPHTable {
|
class MPHTable {
|
||||||
public:
|
public:
|
||||||
typedef Key key_type;
|
typedef Key key_type;
|
||||||
|
MPHTable();
|
||||||
MPHTable(cmph_t* mphf);
|
|
||||||
~MPHTable();
|
~MPHTable();
|
||||||
|
|
||||||
template <class Iterator>
|
template <class Iterator>
|
||||||
bool reset(Iterator begin, Iterator end);
|
bool Reset(ForwardIterator begin, ForwardIterator end);
|
||||||
|
|
||||||
cmph_uint32 index(const key_type& x) const;
|
cmph_uint32 index(const key_type& x) const;
|
||||||
|
|
||||||
private:
|
private:
|
||||||
MPHTable();
|
typedef vector<cmph_uint32> Queue;
|
||||||
cmph_t* mphf;
|
int GenerateQueue(
|
||||||
|
cmph_uint32 nedges, cmph_uint32 nvertices,
|
||||||
|
TriGraph* graph, Queue* queue);
|
||||||
|
|
||||||
// Generates three hash values for k in a single pass.
|
// Generates three hash values for k in a single pass.
|
||||||
static hash_vector(cmph_uint32 seed, const char* k, cmph_uint32 keylen, cmph_uint32* hashes) ;
|
static hash_vector(cmph_uint32 seed, const char* k, cmph_uint32 keylen, cmph_uint32* hashes) ;
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
unsigned int MPHTable::index(const key_type& key) const {
|
int MPHTable::GenerateQueue(
|
||||||
cmph_uint32 keylen = sizeof(key);
|
cmph_uint32 nedges, cmph_uint32 nvertices,
|
||||||
chd_ph_data_t* chd = reinterpret_cast<chd_ph_data_t*>(mphf->data);
|
TriGraph* graph, Queue* queue) {
|
||||||
|
cmph_uint32 queue_head = 0, queue_tail = 0;
|
||||||
|
vector<bool> marked_edge((nedges >> 3) + 1, false);
|
||||||
|
queue->swap(Queue(nvertices, 0));
|
||||||
|
for (int i = 0; i < nedges; ++i) {
|
||||||
|
TriGraph::Edge e = graph.edges[i].vertices;
|
||||||
|
if (graph.vertex_degree_[e.vertices[0]] == 1 ||
|
||||||
|
graph.vertex_degree_[e.vertices[1]] == 1 ||
|
||||||
|
graph.vertex_degree[e.vertices[2]] == 1) {
|
||||||
|
if (!marked_edge[i]) {
|
||||||
|
(*queue)[queue_head++] = i;
|
||||||
|
marked_edge[i] = true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
while (queue_tail != queue_head) {
|
||||||
|
cmph_uint32 current_edge = (*queue)[queue_tail++];
|
||||||
|
graph->RemoveEdge(current_edge);
|
||||||
|
TriGraph::Edge e = graph->edges[current_edge];
|
||||||
|
for (int i = 0; i < 3; ++i) {
|
||||||
|
cmph_uint32 v = e.vertices[i];
|
||||||
|
if (graph->vertex_degree[v] == 1) {
|
||||||
|
cmph_uint32 first_edge = graph->first_edge_[v];
|
||||||
|
if (!marked_edge[first_edge) {
|
||||||
|
queue[queue_head++] = first_edge;
|
||||||
|
marked_edge[first_edge] = true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
marked_edge.swap(vector<bool>());
|
||||||
|
return queue_head - nedges;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
int MPHTable::Mapping(TriGraph* graph, Queue* queue) {
|
||||||
|
int cycles = 0;
|
||||||
cmph_uint32 hl[3];
|
cmph_uint32 hl[3];
|
||||||
cmph_uint32 dispatch, position;
|
graph->Reset(m, n);
|
||||||
cmph_uint32 probe0, probe1;
|
ForwardIterator it = begin;
|
||||||
cmph_uint32 f,g,h;
|
for (cmph_uint32 e = 0; e < end - begin; ++e) {
|
||||||
hash_vector(chd_ph->hl, reinterpret_cast<const char*>(&key), keylen, hl);
|
cmph_uint32 h0, h1, h2;
|
||||||
g = hl[0] % chd_ph->nbuckets;
|
StringPiece key = *it;
|
||||||
f = hl[1] % chd_ph->n;
|
hash_vector(bdz->hl, key.data(), key.len(), hl);
|
||||||
g = hl[2] % (chd_ph->n - 1) + 1;
|
h0 = hl[0] % bdz->r;
|
||||||
dispatch = compressed_seq_query(chd_ph->cs, g);
|
h1 = hl[1] % bdz->r + bdz->r;
|
||||||
probe0_num = disp % chd_ph->n;
|
h2 = hl[2] % bdz->r + (bdz->r << 1);
|
||||||
probe1_num = disp / chd_ph->n;
|
AddEdge(graph, h0, h1, h2);
|
||||||
position = (cmph_uint32)((f + ((cmph_uint64)h)*probe0 + probe1) % chd_ph->n);
|
|
||||||
return position;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
void MPHTable::hash_vector(cmph_uint32 seed, const char* k, cmph_uint32 keylen,
|
|
||||||
cmph_uint32* hashes) {
|
|
||||||
cmph_uint32 len = keylen, length = keylen;
|
|
||||||
hashes[0] = hashes[1] = 0x9e3779b9; // the golden ratio; an arbitrary value
|
|
||||||
hashes[2] = seed; // the previous hash value - seed in our case
|
|
||||||
// consume most of the key
|
|
||||||
while (len >= 12) {
|
|
||||||
hashes[0] += ((cmph_uint32)k[0] +((cmph_uint32)k[1]<<8) +((cmph_uint32)k[2]<<16) +((cmph_uint32)k[3]<<24));
|
|
||||||
hashes[1] += ((cmph_uint32)k[4] +((cmph_uint32)k[5]<<8) +((cmph_uint32)k[6]<<16) +((cmph_uint32)k[7]<<24));
|
|
||||||
hashes[2] += ((cmph_uint32)k[8] +((cmph_uint32)k[9]<<8) +((cmph_uint32)k[10]<<16)+((cmph_uint32)k[11]<<24));
|
|
||||||
mix(hashes[0],hashes[1],hashes[2]);
|
|
||||||
k += 12; len -= 12;
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
// Consumes the remaining 11 bytes
|
cycles = GenerateQueue(bdz->m, bdz->n, queue, graph);
|
||||||
hashes[2] += length;
|
return cycles == 0;
|
||||||
switch(len) { // all the case statements fall through
|
|
||||||
case 11:
|
|
||||||
hashes[2] +=((cmph_uint32)k[10]<<24);
|
|
||||||
case 10:
|
|
||||||
hashes[2] +=((cmph_uint32)k[9]<<16);
|
|
||||||
case 9:
|
|
||||||
hashes[2] +=((cmph_uint32)k[8]<<8);
|
|
||||||
/* the first byte of hashes[2] is reserved for the length */
|
|
||||||
case 8:
|
|
||||||
hashes[1] +=((cmph_uint32)k[7]<<24);
|
|
||||||
case 7:
|
|
||||||
hashes[1] +=((cmph_uint32)k[6]<<16);
|
|
||||||
case 6:
|
|
||||||
hashes[1] +=((cmph_uint32)k[5]<<8);
|
|
||||||
case 5:
|
|
||||||
hashes[1] +=(cmph_uint8) k[4];
|
|
||||||
case 4:
|
|
||||||
hashes[0] +=((cmph_uint32)k[3]<<24);
|
|
||||||
case 3:
|
|
||||||
hashes[0] +=((cmph_uint32)k[2]<<16);
|
|
||||||
case 2:
|
|
||||||
hashes[0] +=((cmph_uint32)k[1]<<8);
|
|
||||||
case 1:
|
|
||||||
hashes[0] +=(cmph_uint8)k[0];
|
|
||||||
/* case 0: nothing left to add */
|
|
||||||
}
|
|
||||||
mix(hashes[0],hashes[1],hashes[2]);
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
cmph_uint32 MPHTable::select_query(select_t* sel, cmph_uint32 one_idx) {
|
void MPHTable::Assigning(TriGraph* graph, Queue* queue);
|
||||||
cmph_uint8* bits_table = sel->bits_vec;
|
void MPHTable::Ranking(TriGraph* graph, Queue* queue);
|
||||||
cmph_uint32* select_table = sel->select_table;
|
cmph_uint32 MPHTable::Search(const StringPiece& key);
|
||||||
|
cmph_uint32 MPHTable::Rank(const StringPiece& key);
|
||||||
cmph_uint32 vec_bit_idx, vec_byte_idx;
|
|
||||||
cmph_uint32 part_sum, old_part_sum;
|
|
||||||
|
|
||||||
vec_bit_idx = select_table[one_idx >> NBITS_STEP_SELECT_TABLE]; // one_idx >> NBITS_STEP_SELECT_TABLE = one_idx/STEP_SELECT_TABLE
|
|
||||||
vec_byte_idx = vec_bit_idx >> 3; // vec_bit_idx / 8
|
|
||||||
|
|
||||||
one_idx &= MASK_STEP_SELECT_TABLE; // one_idx %= STEP_SELECT_TABLE == one_idx &= MASK_STEP_SELECT_TABLE
|
|
||||||
one_idx += rank_lookup_table[bits_table[vec_byte_idx] & ((1 << (vec_bit_idx & 0x7)) - 1)];
|
|
||||||
part_sum = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
do {
|
|
||||||
old_part_sum = part_sum;
|
|
||||||
part_sum += rank_lookup_table[bits_table[vec_byte_idx]];
|
|
||||||
vec_byte_idx++;
|
|
||||||
} while (part_sum <= one_idx);
|
|
||||||
return select_lookup_table[bits_table[vec_byte_idx - 1]][one_idx - old_part_sum] + ((vec_byte_idx-1) << 3);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/*
|
|
||||||
rank_lookup_table[i] simply gives the number of bits set to one in the byte of value i.
|
|
||||||
For example if i = 01010101 in binary then we have :
|
|
||||||
rank_lookup_table[i] = 4
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
|
|
||||||
static cmph_uint8 rank_lookup_table[256] ={
|
|
||||||
0 , 1 , 1 , 2 , 1 , 2 , 2 , 3 , 1 , 2 , 2 , 3 , 2 , 3 , 3 , 4
|
|
||||||
, 1 , 2 , 2 , 3 , 2 , 3 , 3 , 4 , 2 , 3 , 3 , 4 , 3 , 4 , 4 , 5
|
|
||||||
, 1 , 2 , 2 , 3 , 2 , 3 , 3 , 4 , 2 , 3 , 3 , 4 , 3 , 4 , 4 , 5
|
|
||||||
, 2 , 3 , 3 , 4 , 3 , 4 , 4 , 5 , 3 , 4 , 4 , 5 , 4 , 5 , 5 , 6
|
|
||||||
, 1 , 2 , 2 , 3 , 2 , 3 , 3 , 4 , 2 , 3 , 3 , 4 , 3 , 4 , 4 , 5
|
|
||||||
, 2 , 3 , 3 , 4 , 3 , 4 , 4 , 5 , 3 , 4 , 4 , 5 , 4 , 5 , 5 , 6
|
|
||||||
, 2 , 3 , 3 , 4 , 3 , 4 , 4 , 5 , 3 , 4 , 4 , 5 , 4 , 5 , 5 , 6
|
|
||||||
, 3 , 4 , 4 , 5 , 4 , 5 , 5 , 6 , 4 , 5 , 5 , 6 , 5 , 6 , 6 , 7
|
|
||||||
, 1 , 2 , 2 , 3 , 2 , 3 , 3 , 4 , 2 , 3 , 3 , 4 , 3 , 4 , 4 , 5
|
|
||||||
, 2 , 3 , 3 , 4 , 3 , 4 , 4 , 5 , 3 , 4 , 4 , 5 , 4 , 5 , 5 , 6
|
|
||||||
, 2 , 3 , 3 , 4 , 3 , 4 , 4 , 5 , 3 , 4 , 4 , 5 , 4 , 5 , 5 , 6
|
|
||||||
, 3 , 4 , 4 , 5 , 4 , 5 , 5 , 6 , 4 , 5 , 5 , 6 , 5 , 6 , 6 , 7
|
|
||||||
, 2 , 3 , 3 , 4 , 3 , 4 , 4 , 5 , 3 , 4 , 4 , 5 , 4 , 5 , 5 , 6
|
|
||||||
, 3 , 4 , 4 , 5 , 4 , 5 , 5 , 6 , 4 , 5 , 5 , 6 , 5 , 6 , 6 , 7
|
|
||||||
, 3 , 4 , 4 , 5 , 4 , 5 , 5 , 6 , 4 , 5 , 5 , 6 , 5 , 6 , 6 , 7
|
|
||||||
, 4 , 5 , 5 , 6 , 5 , 6 , 6 , 7 , 5 , 6 , 6 , 7 , 6 , 7 , 7 , 8
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
/*
|
|
||||||
select_lookup_table[i][j] simply gives the index of the j'th bit set to one in the byte of value i.
|
|
||||||
For example if i=01010101 in binary then we have :
|
|
||||||
select_lookup_table[i][0] = 0, the first bit set to one is at position 0
|
|
||||||
select_lookup_table[i][1] = 2, the second bit set to one is at position 2
|
|
||||||
select_lookup_table[i][2] = 4, the third bit set to one is at position 4
|
|
||||||
select_lookup_table[i][3] = 6, the fourth bit set to one is at position 6
|
|
||||||
select_lookup_table[i][4] = 255, there is no more than 4 bits set to one in i, so we return escape value 255.
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
static cmph_uint8 select_lookup_table[256][8]={
|
|
||||||
{ 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 3 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 3 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 3 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 3 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 3 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 3 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 3 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 3 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 4 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 4 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 4 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 4 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 4 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 4 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 4 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 4 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 3 , 4 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 3 , 4 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 3 , 4 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 3 , 4 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 3 , 4 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 3 , 4 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 3 , 4 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 3 , 4 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 5 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 3 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 3 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 3 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 3 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 3 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 3 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 3 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 3 , 5 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 4 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 4 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 4 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 4 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 4 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 4 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 4 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 4 , 5 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 3 , 4 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 3 , 4 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 3 , 4 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 3 , 4 , 5 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 3 , 4 , 5 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 3 , 4 , 5 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 3 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 3 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 3 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 3 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 3 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 3 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 3 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 3 , 6 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 4 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 4 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 4 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 4 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 4 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 4 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 4 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 4 , 6 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 3 , 4 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 3 , 4 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 3 , 4 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 3 , 4 , 6 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 3 , 4 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 3 , 4 , 6 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 3 , 4 , 6 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 3 , 4 , 6 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 5 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 3 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 3 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 3 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 3 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 3 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 3 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 3 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 3 , 5 , 6 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 4 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 4 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 4 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 4 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 4 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 4 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 4 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 4 , 5 , 6 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 3 , 4 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 3 , 4 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 3 , 4 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 3 , 4 , 5 , 6 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 3 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 3 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 3 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 3 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 3 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 3 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 3 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 3 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 4 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 4 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 4 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 4 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 4 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 4 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 4 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 4 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 3 , 4 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 3 , 4 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 3 , 4 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 3 , 4 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 3 , 4 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 3 , 4 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 3 , 4 , 7 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 3 , 4 , 7 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 5 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 3 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 3 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 3 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 3 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 3 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 3 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 3 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 3 , 5 , 7 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 4 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 4 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 4 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 4 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 4 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 4 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 4 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 4 , 5 , 7 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 3 , 4 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 3 , 4 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 3 , 4 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 3 , 4 , 5 , 7 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 3 , 4 , 5 , 7 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 3 , 4 , 5 , 7 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 7 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 7 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 3 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 3 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 3 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 3 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 3 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 3 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 3 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 3 , 6 , 7 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 4 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 4 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 4 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 4 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 4 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 4 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 4 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 4 , 6 , 7 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 3 , 4 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 3 , 4 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 3 , 4 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 3 , 4 , 6 , 7 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 3 , 4 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 3 , 4 , 6 , 7 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 3 , 4 , 6 , 7 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 3 , 4 , 6 , 7 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 5 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 3 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 3 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 3 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 3 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 3 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 3 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 3 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 3 , 5 , 6 , 7 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 4 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 4 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 4 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 4 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 4 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 4 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 4 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 4 , 5 , 6 , 7 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 , 255 } , { 0 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 } , { 0 , 1 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 255 , 255 } , { 0 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 255 } ,
|
|
||||||
{ 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 255 } , { 0 , 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 } };
|
|
||||||
|
|
||||||
cmph_uint32 MPHTable::compressed_seq_query(compressed_seq_t * cs, cmph_uint32 idx)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
cmph_uint32 enc_idx, enc_length;
|
|
||||||
cmph_uint32 rems_mask;
|
|
||||||
cmph_uint32 stored_value;
|
|
||||||
cmph_uint32 sel_res;
|
|
||||||
|
|
||||||
assert(idx < cs->n); // FABIANO ADDED
|
|
||||||
|
|
||||||
rems_mask = (1U << cs->rem_r) - 1U;
|
|
||||||
|
|
||||||
if(idx == 0) {
|
|
||||||
enc_idx = 0;
|
|
||||||
sel_res = select_query(&cs->sel, idx);
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
sel_res = select_query(&cs->sel, idx - 1);
|
|
||||||
enc_idx = (sel_res - (idx - 1)) << cs->rem_r;
|
|
||||||
enc_idx += get_bits_value(cs->length_rems, idx-1, cs->rem_r, rems_mask);
|
|
||||||
sel_res = select_next_query(&cs->sel, sel_res);
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
enc_length = (sel_res - idx) << cs->rem_r;
|
|
||||||
enc_length += get_bits_value(cs->length_rems, idx, cs->rem_r, rems_mask);
|
|
||||||
enc_length -= enc_idx;
|
|
||||||
if(enc_length == 0) return 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
stored_value = get_bits_at_pos(cs->store_table, enc_idx, enc_length);
|
|
||||||
return stored_value + ((1U << enc_length) - 1U);
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|||||||
20
cxxmph/trigraph.c
Normal file
20
cxxmph/trigraph.c
Normal file
@ -0,0 +1,20 @@
|
|||||||
|
#include "trigraph.h"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace {
|
||||||
|
static const cmph_uint8 kInvalidEdge = std::limits<cmph_uint8>::max;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
TriGraph::TriGraph(cmph_uint32 nedges, cmph_uint32 nvertices)
|
||||||
|
: nedges_(0),
|
||||||
|
edges_(nedges, 0),
|
||||||
|
first_edge_(nvertices, kInvalidEdge),
|
||||||
|
vertex_degree_(nvertices, 0) { }
|
||||||
|
|
||||||
|
void Trigraph::ExtractEdgesAndClear(vector<ConnectedEdge>* edges) {
|
||||||
|
first_edge_.swap(vector<cmph_uint32>());
|
||||||
|
vertex_degree_.swap(vector<cmph_uint8>());
|
||||||
|
nedges_ = 0;
|
||||||
|
edges->swap(edges_);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
void TriGraph::AddEdge(const Edge& edge) { }
|
||||||
|
void TriGraph::RemoveEdge(cmph_uint32 current_edge) { }
|
||||||
21
cxxmph/trigraph.h
Normal file
21
cxxmph/trigraph.h
Normal file
@ -0,0 +1,21 @@
|
|||||||
|
class TriGraph {
|
||||||
|
struct Edge {
|
||||||
|
Edge(cmph_uint32 v0, cmph_uint32 v1, cmph_uint32 v2);
|
||||||
|
cmph_uint32 vertices[3];
|
||||||
|
};
|
||||||
|
struct ConnectedEdge {
|
||||||
|
Edge current;
|
||||||
|
Edge next;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
TriGraph(cmph_uint32 nedges, cmph_uint32 nvertices);
|
||||||
|
void AddEdge(cmph_uint32 v0, cmph_uint32 v1, cmph_uint32 v2);
|
||||||
|
void RemoveEdge(cmph_uint32 current_edge);
|
||||||
|
void ExtractEdgesAndClear(vector<ConnectedEdge>* edges);
|
||||||
|
|
||||||
|
private:
|
||||||
|
cmph_uint32 nedges_;
|
||||||
|
vector<ConnectedEdge> edges_;
|
||||||
|
vector<cmph_uint32> first_edge_;
|
||||||
|
vector<cmph_uint8> vertex_degree_;
|
||||||
|
};
|
||||||
Loading…
Reference in New Issue
Block a user